计算机辅助药物设计导论 付伟,叶德泳 编著.【无忧售后 放心购买】 mobi 下载 网盘 caj lrf pdf txt 阿里云

为了适应不同学科、不同层次的读者需要，本书深入浅出地介绍了计算机辅助药物设计的入门知识，包括药物作用的基本理论、药物设计的基本概念与方法、计算机辅助药物设计的化学信息学和生物信息学系统、理论计算基础、计算机辅助药物设计的主要策略方法和技术，重点讲解计算机辅助药物设计的意义、作用和基本研究方法，选用一些典型的成功案例，并介绍近期新的靠前外研究成果，反映学科发展。同时介绍了一些常用软件，提供化学和生物信息学资源，使本书兼具理论性和实用性。各章列出了参考文献和选读文献，供读者深入钻研之需。书末附有专业名词、软件名和药物名索引，便于读者参考学习。

本书可作为综合性大学和医药院校本科生与研究生的教学用书，也可供有关科研人员参考。

1药物设计的基本概念和理论基础/1

1.1药物的化学结构和特性2

1.2药物发现的途径与过程3

1.2.1药物的偶然发现与筛选5

1.2.2天然有效成分作为先导化合物5

1.2.3已有药物作为先导化合物6

1.2.4以药物合成中间体为先导化合物6

1.2.5组合化学方法产生先导化合物6

1.2.6合理药物设计7

1.2.7先导化合物的优化和成药性研究11

1.3药物作用的生物化学基础12

1.3.1蛋白质13

1.3.2核酸16

1.3.3酶19

1.3.4糖类22

1.3.5生物膜23

1.4药物作用的分子药理学基础24

1.4.1受体学说及药物-受体相互作用的方式和本质25

1.4.2药物-受体相互作用力的类型30

1.4.3立体因素对药物-受体相互作用的影响33

1.4.4药物-受体相互作用模型34

1.4.5以核酸为靶点的药物作用模型35

1.4.6药物与靶点作用的复杂性37

1.5药物的化学结构与生物活性的关系（SAR）39

1.5.1药效团、药动基团和毒性基团39

1.5.2药效构象41

1.6定量构效关系（QSAR）43

1.6.1线性自由能相关方法44

1.6.2Free-Wilson模型49

1.6.3分子连接性法50

参考文献51

进一步参考和选读文献51

2新药发现中的化学信息学和生物信息学/53

2.1药物研究中的信息处理55

2.1.1化学信息学在药物研究中的作用及应用55

2.1.2生物信息学在药物研究中的作用及应用56

2.1.3数据挖掘在药物研发中的应用57

2.2化学小分子的处理60

2.2.1化学结构的编码60

2.2.2分子结构的计算机表示62

2.2.3化学结构信息的存储65

2.2.4分子性质的表示67

2.2.5计算机分子模型技术及结构显示69

2.3分子相似性搜索70

2.3.1基本概念70

2.3.2相似度计算公式71

2.3.3分子相似性搜索的应用72

2.4合成反应信息处理和计算机辅助有机合成设计73

2.5生物大分子的信息处理74

2.5.1序列分析和比对74

2.5.2蛋白质结构预测75

2.5.3蛋白质功能预测75

2.6与新药研发相关的数据库76

2.6.1化合物数据库76

2.6.2化学信息数据库81

2.6.3药学信息综合平台83

2.***药物靶点数据库84

2.6.5中药数据库85

2.6.6药效团数据库86

2.6.7分子生物学数据库86

2.7信息计算新技术87

2.7.1集群计算88

2.7.2网格计算88

2.7.3云计算89

2.7.4信息计算新技术在医药行业中的应用90

参考文献91

进一步参考和选读文献92

3有关理论计算、技术和设备/95

3.1常用的计算类型96

3.1.1势能面96

3.1.2单点能97

3.1.3几何优化97

3.1.4分子性质计算98

3.1.5构象分析101

3.2理论计算基础104

3.2.1量子化学105

3.2.2分子力学110

3.2.3量子力学与分子力学相结合的方法（QM/MM）113

3.2.4分子动力学模拟方法115

3.2.5自由能计算118

3.3数据统计分析方法119

3.3.1模式识别法120

3.3.2人工神经网络方法122

3.4药物和生物大分子三维结构测定的实验方法和技术123

3.4.1蛋白质三维结构的测定方法123

3.4.2药物-蛋白结合位点的测定方法126

3.4.3药物-蛋白结合和结合常数的测定方法127

参考文献130

进一步参考和选读文献130

4计算机辅助药物设计的意义/133

4.1计算机辅助药物设计的产生和作用134

4.2计算机辅助药物设计的特征136

4.2.1多学科交叉的前沿领域136

4.2.2大量化学信息的计算机计算处理137

4.2.3大量高技术软件产品的产生137

4.3计算机辅助药物设计的评价和展望138

参考文献138

进一步参考和选读文献139

5计算机辅助药物设计方法学 /141

5.1直接药物设计143

5.1.1活性位点分析144

5.1.2基于靶点结构的三维结构搜寻145

5.1.3全新药物设计154

5.1.4蛋白结构预测159

5.2间接药物设计163

5.2.1基于药效团模型的药物设计与虚拟筛选163

5.2.2基于配体相似性的虚拟筛选167

5.2.33D-QSAR法169

5.3计算机辅助药物设计新策略和新方法177

5.3.1基于序列的药物设计177

5.3.2基于片段的药物设计178

5.3.3多靶点药物设计186

5.3.4网络药理学190

5.3.5反向对接191

5.3.6组合化学与合理药物设计的结合策略193

参考文献196

进一步参考和选读文献197

6先导化合物优化/199

6.1从苗头到先导与先导化合物优化200

6.2先导化合物优化的原则及策略201

6.2.1配体效率与配体亲脂性效率201

6.2.2类先导化合物性与三倍律202

6.2.3先导化合物优化原则203

6.2.4先导化合物优化基本策略204

6.3化合物药效学性质的优化205

6.3.1基于靶点结构的优化205

6.3.2基于片段结构的优化206

6.3.3基于配体结构的优化208

6.3.4骨架跃迁209

***化合物药动学性质的优化212

***.1药代动力学的意义212

***.2基于性质药物设计优化的目标213

***.3成药性213

***.4类药性与五倍律214

***.5药动学性质的预测优化216

参考文献217

进一步参考和选读文献218

7计算机辅助药物设计应用实例/219

7.1基于靶点蛋白结构的药物设计案例220

7.1.1抗流感病毒药物设计——基于唾液酸酶结构的药物设计220

7.1.2AChE抑制剂的研究——基于AChE晶体结构的药物设计222

7.1.3SARS病毒3CL主蛋白酶抑制剂的研究——基于同源蛋白结构的药物设计231

7.2基于虚拟筛选的药物设计案例233

7.2.15-羟色胺1A受体激动剂FW01的发现233

7.2.25-羟色胺1A受体激动剂FW01的结构改造和优化235

7.3基于药效团模型的药物设计案例239

7.3.1非核苷类NS5B小分子抑制剂的研究——基于配体的药效团模型239

7.3.2针对花生四烯酸代谢网络的抗炎药物研究——基于多靶点蛋白的药效团模型242

7.4基于性质的药物设计案例249

7.4.1抗疟疾药物代谢稳定性的性质预测249

7.4.2代谢部位的预测步骤250

7.4.3代谢部位的预测结果及分析250

7.5基于片段的药物设计案例251

7.5.1抗凋亡蛋白Bcl-2抑制剂的发现251

7.5.2基于NMR的片段筛选和基于片段的Bcl-2抑制剂设计252

7.5.3Bcl-2抑制剂先导化合物优化254

7.6基于反向对接的靶点识别案例255

7.6.1天然产物咖啡酰酪胺抗幽门螺旋杆菌作用新靶点肽脱甲酰基酶（PDF）的发现——作用靶点预测255

7.6.2基于结构的系统生物学和反向对接验证吉非替尼的脱靶效应——不良反应预测257

参考文献260

索引264

付伟，复旦大学药学院药物化学教研室，教授，复旦大学引进人才，博士生导师。从事分子模拟与药物设计16年，先后师从量子化学家封继康教授、药物设计领域领军人物陈凯先院士和蒋华良教授、美国休斯敦结构生物学领头人James Briggs教授、巴塞罗那超级计算中心主任Modesto Orazco教授，在Angew. Chem. Int. Ed.，Biophys. J., J. Med. Chem., Mol. Pharmaceutics, J. Phys. Chem. B. J. Chem. Inf. Model.等多个国际顶 尖级杂志以第 一作者或通讯作者发表20余篇药物设计及分子模拟专业学术论文。承担有机化学、药物化学、药物设计学等本科生课程教学，及多门研究生课程。

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